Uongozi wa hospitali umegawanyika katika ngazi kuu nne ambazo ni Bodi ya wadhamini, Bodi ya ushauri, kamati ya Uendeshaji wa Hospitali na wakuu wa idara na vitengo mbalimbali. Bodi ya udhamini ndio mmiliki wa Hospitali na chombo chenye sauti ya mwisho katika maamuzi juu ya masuala ya uendeshaji wa hospitali, Bodi ya wadhamini huteuliwa na Abate wa Ndanda Abbey, Bodi ya Udhamini ndiyo yenye mamlaka ya kufanya uteuzi wa Mganga mkuu wa Hospitali na Afisa Utawala wa Hospitali, Mganga mkuu kwa kushirikiana na Afisa Utawala wa Hospitali ndio wenye jukumu la kuteua kamati ya uendeshaji wa Hospitali, kamati ya uendeshaji wa Hospitali ndiyo wenyejukumu la kuteua wakuu wa idara na vitengo mbalimbali.