Die Leitung und Organisation des Hospitales ist in vier Ebenen unterteilt: Das Board of Trustees (BOT), das Hospital Governing Committee (HGC), das Hospital Management Team (HMT) und die Leiter der jeweiligen Abteilungen.
Das Board of Trustees (BOT) ist der Eigentümer des Krankenhauses und seine Mitglieder werden vom Abt der Abtei Ndanda ernannt. Es ist für das Management und die Leitung des Krankenhauses auf hoher Ebene verantwortlich. Das BOT ernennt sowohl den ärztlichen Direktor (Medical Officer in charge, MOI) als auch den Verwalter des Hospitales. Diese wiederum sind für die Ernennung der anderen Mitglieder des Hospital Management Teams verantwortlich. Das Hospital Management Team ist für die täglichen Entscheidungen, die Organisation, das Personal und die Finanzen zuständig. So ernennt es auch die Leiter der jeweiligen Abteilungen.